En la ciénaga de San Sebastián, Complejo Cenagoso del Bajo Sinú, se evaluó la distribución espacial y temporal del fitoplancton; para lo cual se establecieron en la ciénaga, entre Agosto de 2005 y Febrero de 2007, dos puntos de muestreo: uno en la zona litoral y otro en la parte limnética. Se tomaron muestras cualitativas y cuantitativas en diferentes épocas climáticas y a diferentes profundidades según el disco Secchi, con una red de fitoplancton de 55 µm y con botella Van Dorn, respectivamente. Se registraron 231 taxones pertenecientes a las divisiones Chlorophyta, Euglenophyta, Heterokontophyta, Cyanophyta, Pyrrophyta y Xanthophyta en orden de riqueza específica. En cuanto al número de individuos, tanto en la zona litoral como en la limnética y en las diferentes profundidades (S y DS) la división Cyanophyta fue la más abundante, en especial Lyngbya sp. Durante las lluvias, la división Chlorophyta presentó el mayor número de especies pero las Cyanophytas la mayor densidad de individuos. A comienzos de la época de lluvias dominaron las Heterokontophyta con la especie Navicula sp3. En la época seca, Cyanophyta nuevamente registró la mayor densidad, en particular Raphidiopsis sp5 y Lyngbya sp.