El artículo presenta los fundamentos de la interrelación entre aspectos ontológicos, epistemológicos, metodológicos y técnicos de la investigación La educación virtual en las Instituciones de Educación Superior: una propuesta interpretativa, financiada por la Fundación Universitaria Los Libertadores de Colombia (2009 - 2010); aporta una prudente reflexión sobre la investigación educativa en el contexto de la denominada Educación Virtual; identifica elementos de análisis que buscan contribuir al rigor y coherencia en las prácticas de construcción de conocimiento en este tipo de investigaciones. La reflexión es oportuna ante la crisis epistemológica contemporánea que ha llevado a cuestionar la naturaleza misma de la ciencia, así como la pertinencia y utilización de los conocimientos por ella producidos, en sistemas que hoy se reconocen ausentes de neutralidad.