La Enfermedad Respiratoria Aguda [ERA] es un problema mundial de salud publica, por sus altas tasas de morbilidad y mortalidad en ninos menores de cinco anos. Este estudio se dirigio a determinar la mortalidad por ERA en ninos menores de seis anos en dos municipios –con alta y baja contaminacion atmosferica– del Valle del Cauca (Colombia), en el periodo 2008-2009. Se realizo un estudio descriptivo, de corte transversal, un analisis exploratorio de los datos y analisis univariado y bivariado. Se encontro que la mayor mortalidad por ERA ocurrio en el municipio con alta contaminacion ambiental, con una Razon Densidad de Incidencia de 3,1. La neumonia fue la unica causa de mortalidad por ERA en los menores de seis anos. La mayor mortalidad ocurrio en hombres, menores de un ano. Sin embargo no se logro establecer asociacion estadistica entre mortalidad por ERA con sexo y edad (p>0,05). Con relacion al estado civil, el nivel de escolaridad, la edad de la madre y el regimen de salud, no se encontraron diferencias estadisticamente significativas entre los dos municipios, posiblemente por el bajo numero de defunciones en el periodo evaluado.