Objetivo Explorar el comportamiento del ausentismo laboral y su relación con la inactividad física en una comunidad institucional. Métodos Se comparan la frecuencia, duración, costo y causas de la incapacidad en relación con el sexo, la edad, y la práctica regular de actividad física. Se estudia el riesgo relativo (RR) y se construyen intervalos de confianza al 95 % para cada estimación. Resultados El ausentismo laboral está asociado con el sedentarismo, RR 2,17 (IC95 % 1,72-2,73). Las enfermedades respiratorias, las osteomusculares y los traumatismos son las principales causas de incapacidad laboral. El ausentismo es mayor en mujeres que en hombres RR 1,65 (IC95 % 1,53-1,77). Existe también una relación directa entre el ausentismo y la edad RR 1,25 (IC95 % 1,12-1,38). Conclusiones La inactividad física aumenta la frecuencia y la duración de las incapacidades laborales lo cual presupone implicaciones desfavorables para el trabajador, para la empresa y para la sociedad. Los programas de promoción de la actividad física en el ámbito laboral se plantean como una opción estratégica en salud ocupacional .