El artículo presenta los resultados del trabajo de investigación realizado en la industria de alimentos a base de quinua (Chenopodium quinoa Willdenow) Funprodesic (Popayán, Colombia), el cual consistió en determinar los indicadores de ecoeficiencia dentro de su proceso de producción; para este trabajo se conformó un Comité de Ecoeficiencia, integrado por un equipo multidisciplinario dentro de la empresa; se analizaron varios métodos para determinar dichos indicadores y su fácil aplicabilidad al proceso productivo de la empresa; una vez calculados los indicadores de ecoeficiencia, se consideraron algunas modificaciones al proceso productivo de la empresa –que incluyeron la compra de equipos industriales modernos, como alternativa para la disminución de los valores de los indicadores de ecoeficiencia y los altos costos asociados con el tratamiento tradicional del grano de quinua por vía húmeda–, lo que permitirá a la empresa una separación más eficiente de las saponinas contaminantes y su uso con rentabilidad y sin contaminar el medio ambiente, obteniendo así un proceso de producción más ecoeficiente y rentable.