Objetivo. Establecer la prevalencia de infección por Cryptosporidium spp en una muestra de caninos domésticos y explorar factores asociados con la positividad. Materiales y métodos. Estudio de corte transversal; se colectó y analizó materia fecal de 132 perros en 3 consultorios veterinarios de la ciudad de Tunja, mediante técnica de sedimento ZiehlNeelsen modificada. Los datos fueron analizados en Epiinfo 2002®. Resultados. El 47.7% de caninos estudiados fueron hembras y 52.3% machos, rango de edad 1-156 meses, media de 48 meses. El 16.38% de muestras fueron positivas para Cryptosporidium spp (IC95% 10– 24.5), se observo mayor frecuencia en menores de un año, la diarrea (OR=2.99 p=0.01) y el antecedente de vacunación se relacionó negativamente con la probabilidad de infección, lo que sugiere que puede ser indicador o predictor de la infección (OR=0.30 p=0.04). Conclusiones. La prevalencia de infestación encontrada sugiere transmisión frecuente en caninos de Tunja, y se considera de alto riesgo para la probabilidad de contraer una zoonosis. Se debe estudiar la infección en humanos dueños de mascotas y profesionales de la salud por el riesgo de transmisión, considerando la virulencia del contagio en pacientes inmunodeprimidos así como determinar la especie involucrada en la infección.