Objetivo. Evaluar el grado de microfiltracion apical en raices preparadas con sistema Protaper® manual y obturadas con tecnica de condensacion lateral y tecnica de cono unico. Metodos. Se utilizaron 240 raices de molares recien extraidos (120 superiores y 120 inferiores) las cuales se prepararon con sistema Protaper® universal manual, preparando hasta lima F3 e irrigando con solucion de hipoclorito de sodio al 5,25%. Para la obturacion los dientes se dividieron en forma aleatoria en dos grupos de 120 raices para cada tecnica, subdividiendo a partir del uso de los cementos selladores (Grossman y Top Seal). Se realizo tincion de los tres milimetros apicales con azul de metileno y se procedio a la transparentacion para lograr la medicion de la microfiltracion al microscopio optico. Para comparar las frecuencias de microfiltracion se aplico la prueba X 2 , asumiendo intervalos de confianza del 95 % y para comparacion de la cantidad de microfiltracion se utilizo la prueba t-student (p<0.05). Resultados. Se observo microfiltracion en el 21,6 % de las raices evaluados, 30,0 % para el grupo obturadas con cono unico y 12,5 % para las obturadas con condensacion lateral (p=0.002). La cantidad de microfiltracion no mostro diferencias estadisticamente significativas. Conclusiones. La tecnica de condensacion lateral muestra menor grado de microfiltracion que la tecnica de cono unico en raices preparados con sistema rotatorio y este se puede considerar una alternativa para disminuir la tasa de fracasos endodonticos, al ejecutarse bajo los parametros propios de la preparacion biomecanica.