Antecedentes: Colombia presenta un patrón de prevalencia heterogéneo para la infección por virus de la hepatitis B (VHB) con regiones de alta, moderada y baja prevalencia. Objetivo: identificar los casos de infección por VHB y caracterizar los genotipos virales en población con factores de exposición en las ciudades de Quibdó y Apartadó, Colombia. Materiales y métodos: la población del estudio correspondió a 768 individuos asintomáticos con factores de exposición a la infección por VHB. El primer análisis fue la detección del antígeno de superficie del VHB (HBsAg) por prueba rápida. En las muestras de individuos positivos para esta prueba, se confirmó la presen- cia del HBsAg por ELISA y se detectó el genoma del VHB por reacción en cadena de la polimerasa (PCR). El genotipo viral fue determinado por secuenciación y análisis filogenético. Resultados: se identificaron 17/768 individuos con infección por VHB (2,2%) según la detección del HBsAg por prueba rápida y por ELISA. Los análisis filogenéticos permitieron la identificación de los genotipos F, (subgenotipos F3 y F1a) y A en las muestras. Conclusiones: se reporta por primera vez la circulación del subgenotipo F1a en Colombia y se confirma la circulación del subgenotipo F3 y el genotipo A.