Euptychiina es considerado un grupo de difícil taxonomía debido a que presenta una alta diversidad de especies de homogeneidad morfológica aparente haciendo compleja su identificación. En este sentido, las secuencias de ADN proporcionan una herramienta útil para la diferenciación de especies al aportar información valiosa y complementaria al uso de caracteres morfológicos tradicionales. Se realizó una caracterización molecular de trece especies de Euptychiina comunes en el norte de la cordillera central de los Andes Colombianos empleando secuencias de ADN mitocondrial de la región 3’ del gen Cyt b, el ARNtSer y el extremo 3’ de ND1. En las secuencias del fragmento secuenciado se evidenciaron grados de variación que permitieron diferenciar todas las especies. La variación nucleotídica intraespecífica fue inferior a 2% y la interespecífica superior a 4%. Adicionalmente, se encontró en la región secuenciada un espaciador intergénico entre el Cyt b y el ARNtSer, el cual no había sido reportado para Nymphalidae. La variación nucleotídica en el espaciador a nivel interespecífico fue similar y complementaria a la encontrada en la región codificante. El fragmento secuenciado se presenta como una nueva herramienta para mejorar y complementar los estudios taxonómicos en grupos como este, donde se incluyen especies morfológicamente similares. La región propuesta combina varios genes con diferentes grados de variación nucleotidica aportando información útil en la identificación de especies.