Entre enero y diciembre de 1982 se llevaron a cabo muestreos quincenales en seis sitios diferentes en la represa de El Peñol. Dentro de los parámetros fisicoquímicos se analizaron la temperatura, el oxígeno disuelto, el dióxido de carbono, el pH, la alcalinidad, la dureza, los fosfatos, los nitratos y los sulfatos. También se hicieron análisis de fitoplancton, zooplancton, bentos y malezas acuáticas. Dentro de los análisis microbiológicos se hizo un recuento de coliformes totales y microorganismos viables. En general, este estudio mostró que la represa presenta un estado de eutroficación moderado y una población característica de algas de aguas claras. Sin embargo, las fuentes de aguas negras que llegan a la represa y la actividad agrícola que se lleva a cabo en sus alrededores, podrían a corto plazo causar problemas graves de eutroficación.