Objetivo: determinar si la altura es un factor de riesgo para defectos del tubo neural (DTN) al comparar las prevalencias de defectos del tubo neural entre hospitales que utilizan la metodología del Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas (ECLAMC) en las ciudades de Cali y Bogotá.Metodología: se realizó un estudio transversal haciendo uso de la base de datos del ECLAMC del Hospital Universitario del Valle (HUV) de la ciudad de Cali; Hospital Simón Bolívar, Clínica Emmanuel, Hospital Universitario San Ignacio y Clínica David Restrepo de la ciudad de Bogotá. La población en estudio fue la de los recién nacidos en dichas instituciones entre febrero del 2004 y marzo del 2005. Se estimó la razón de prevalencias entre las ciudades.Resultados: en el HUV de Cali se registraron 7.201 nacimientos entre febrero 2004 y marzo del 2005, dentro de los cuales se identificaron 21 casos de recién nacidos con DTN, para una prevalencia de 29,2 por cada 10.000 nacidos. En Bogotá la suma total de nacimientos registrados en las cuatro instituciones, fue de 15.239, y se identificaron nueve recién nacidos con DTN, para una prevalencia de seis por cada 10.000 nacidos. Se observó una diferencia estadísticamente significativa en general, para todos los DTN (RP: 4,94; 95% IC: 2,26 - 10,78), siendo marcada para anencefalia (RP: 8,46; 95% IC: 1,80 - 39,85) y para espina bífida (RP: 3,81; 95% IC: 1,28 – 11,36).Conclusiones: la prevalencia de los DTN es mayor en ciudades con altitud menor de 2.000 m sobre el nivel del mar, hallazgo acorde con lo reportado en la literatura.