Se determinaron los cambios fisicoquímicos de la biodegradación de la vinaza de caña de azúcar con cepas de los hongos Schyzophyllum commune y Trichoderma viride, en dos medios de cultivo con y sin agitación. Se establecieron los siguientes parámetros: pH, conductividad, sólidos disueltos, turbidez, azúcares reductores, fósforo (P), fenoles, potasio (K), nitrógeno total (Ntotal), DQO y DBO. A los resultados obtenidos se les aplicó el análisis de varianza de un factor para contrastar la existencia de diferencias significativas entre el tratamiento control (T1: vinaza) y los subtratamientos (T1.1 y T1.2). Los resultados mostraron porcentajes de remoción del 97,7% en la turbidez, 60,5% en el contenido de fenoles, 79,5% en el contenido de K, 75% en DQO y 78,3% en DBO. Se evidenció que estas cepas de hongos pueden ser utilizados en la degradación de compuestos recalcitrantes, como la vinaza, con reducción de su toxicidad y la probabilidad de ser utilizada como complemento de fertilizantes.