INTRODUCCIÓN Existen numerosos métodos microscópicos, serológicos y moleculares para el diagnóstico de la babesiosis; sin embargo, las técnicas moleculares han ganado especial interés porque permiten la detección del material genético en bajas concentraciones, y en ocasiones, la discriminación de especie. OBJETIVO Describir la utilidad de las principales técnicas moleculares aplicadas al diagnóstico de infecciones por Babesia bovis y Babesia bigemina en bovinos. MATERIALES Y MÉTODOS Se realizó una revisión sistemática de la literatura publicada entre 2006 y 2011 en las bases de datos PubMed, ScienceDirect y Springer Link empleando los términos MeSH: Polymerase Chain Reaction, Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction, Molecular Diagnostic Techniques, Western Blotting, Microarray Analysis, Cattle, Babesia y Babesia bovis. RESULTADOS Se obtuvieron 299 artículos relacionados, de los cuales fueron seleccionados 28 de acuerdo con los criterios de inclusión. Las técnicas moleculares más empleadas fueron la pcr y sus variantes y el RLB; en menor proporción se emplearon el LAMP y el Western Blot. Se describe brevemente cada técnica, sus aplicaciones en el diagnóstico de infecciones por B. bovis y B. bigemina en bovinos y algunos aspectos a considerar para la correcta aplicación; así mismo, se analiza el marcador molecular, el método de extracción de ácidos nucléicos empleado y la discriminación geográfica del uso de las técnicas. CONCLUSIONES Las técnicas moleculares tienen la capacidad de detectar infecciones por B. bovis y B. bigemina con gran especificidad. Además, permite realizar estudios sobre la biología de los microorganismos, epidemiológicos, filogenéticos y de inmunuzación.