En el trópico los sistemas agroforestales SAFs con cacao y café son los más comunes y cubren alrededor de 17,7 millones de hectáreas y aproximadamente el 70% de la producción de cacao proviene de pequeños agricultores. Como estrategia para la realización del diagnóstico en arreglos agroforestales con cacao se realizaron simulaciones con SExI-FS® para identificar las interacciones y proponer alternativas en el manejo de la estructura de los arreglos agroforestales, dando elementos claves a quienes toman decisiones para optimizar los sistemas de producción. Se evaluó la composición química del suelo y un diagnóstico de cada arreglo para obtener información para la simulación en SExI-FS®. Se encontraron variaciones en las cantidades de Ca, B y Cu debido a las prácticas de manejo de enmiendas. Los porcentajes de cobertura arbórea encontrados en cada arreglo agroforestal fueron bajos, siendo 10,8% para la finca El Salado y 6,3% para la finca El Palmar. En nuestro caso en el que la disponibilidad de nutrientes es un factor limitante, se hace necesario aumentar el nivel de sombra, ya que existe una correlación positiva entre la producción de cacao y luz, el nivel de cobertura se debe aumentar a un 30% que es el nivel ideal de sombra para cacao. La simulación con SExI-FS® nos sirve para implementar planes de manejo dentro de la plantación, como el mejoramiento del nivel de sombra, el manejo de las podas y el tipo de especies a utilizar.