Resumen Las macrofitas acuaticas son uno de los componentes mas importantes de los ecosistemas lacustres, responsables de la productividad primaria, de suministrar nichos para otros niveles troficos, reciclar los nutrientes y estabilizar sedimentos. La investigacion con relacion a las macrofitas acuaticas en lagunas neotropicales de alta montana, es escasa y necesaria para llegar a una mayor comprension del funcionamiento de estos ecosistemas. En las lagunas Cristalina, Media y Pozo en el paramo de La Rusia (Boyaca, Colombia), entre 3.720 y 3.792 msnm, se hizo la caracterizacion de las comunidades de macrofitas acuaticas, usando cuadrantes de 0.25 m. para evaluar la frecuencia y la cobertura. Tambien se determino la distribucion por habitos de crecimiento. Las frecuencias por especie fueron usadas como estimadores de abundancia para calcular el indice de diversidad de Shannon, (H) el indice de dominancia de Simpson (D), y los indices de similitud de Jaccard y Bray-Curtis. En total se registraron 17 especies de macrofitas acuaticas, de las cuales solo Callitricheheterophylla, Isoetespalmeri, Ranunculusflagelliformis, Juncussp. y Elatine minima estaban presentes en las tres lagunas. La laguna Media presento la mayor diversidad (13 especies, H=2,053,D=0,184). Aunque todas las lagunas muestran una transparencia Secchi similar, y la distancia entre ellas es reducida, se encontraron diferencias en la diversidad, distribucion de habitos y cobertura de macrofitas, lo cual sugiere que existen factores ambientales distintos a la luz, posiblemente los nutrientes o la geomorfologia, que marcan diferencias entre las lagunas. Se analizan los resultados con base en los antecedentes de investigaciones similares en otros paises andinos. Abstract The aquatic macrophytes are one of the most important components of lacustrine ecosystems. They are in charge of the primary productivity, the availability of niches for other trophic levels, the nutrient cycling and the stabilizing of sediments. Research in relation of aquatic macrophytes in neotropical lakes of high Andean mountains is scarse and necessary to approach a better comprehension of the functioning of these ecosystems. We made the characterization the community of aquatic macrophytes in the lakes Cristalina, Media and Pozo, in La Rusia Paramo (Boyaca-Colombia), between 3.720 and 3.792 m. alt., using 0.25 m. quadrants to evaluate the frequency and cover. Besides it was evaluated the distribution of different growth habits. Frequencies per species were used like abundance estimators to calculate the Shannon diversity index (H), the Simpson dominance index (D), and the similarity indices of Jaccard and Bray-Curtis. Overall, it was collected 17 species of aquatic macrophytes, from which only Callitriche heterophylla, Isoetes palmeri, Ranunculus flagelliformis, Juncus sp. and Elatine minima were common to all lakes. The Media lake showed the highest diversity (13 species, H = 2,053, D = 0,184). Although the Secchi transparence was similar and the distance among lakes is reduced, we found differences in diversity, cover and habits distribution of the macrophytes, what suggest an effect of environmental factors different to light, possibly nutrients or geomorphology. The analysis of results is based on the previous similar investigations in Andean countries.