Blast es uno de los programas mas utilizados por los investigadores en Bioinformatica [1]. Este software es en realidad una recopilacion de cinco subprogramas (blastn, blastp, blastx, tblastn y tblastx). Para su ejecucion en un proyecto real, requiere de sistemas de computo con altas capacidades de procesamiento y memoria. Al reemplazar la funcion de busqueda que se ejecutaba en los procesadores, por una que se procese sobre una plataforma de computacion reconfigurable, permite liberar al procesador de dicha tarea y puede significar una reduccion en tiempos de ejecucion, proporcionando gran ayuda a las investigaciones en secuenciacion genetica.