El uso del agua en sistemas de irrigacion de alta tecnologia, conlleva el desarrollo de mejores metodos de filtracion que minimicen el impacto de posibles obstrucciones en las unidades de aplicacion. Los taponamientos de los goteros afectan directamente la eficiencia de los sistemas. Empleando sistemas no convencionales de filtracion de agua que combinan un Filtro Grueso de Flujo Ascendente (FGFA) con un Filtro de Anillos (FAN), y sistemas convencionales conformados por (FGFA) con un Filtro de Arena (FA), se comparo el funcionamiento de cuatro tipos diferentes de sistemas de riego localizado de alta frecuencia (Microjet, autocompensado, Lyn y cinta de riego). Se estudio el Coeficiente de Uniformidad del riego (CU) y la capacidad de los filtros en la remocion de parametros fisicos, quimicos y microbiologicos que inciden en el riesgo de obturacion. Se observo que los emisores Microjet y Lyn mostraron mejor comportamiento del coeficiente de uniformidad con el tratamiento de filtracion convencional. Para periodos de riego superiores a 500 horas los emisores autocompensado y Lyn mostraron coeficientes de uniformidad superiores a 80%. La remocion de hierro, manganeso, solidos suspendidos totales y mesofilos fue significativamente mejor con el sistema convencional, comprobando que FA es mas eficiente que FAN.