Introduccion: staphylococcus aureus esta asociado con graves enfermedades sistemicas causadas por superantigenos (toxinas pirogenicas y exfoliativas). Metodos: 100 aislamientos clinicos de S. aureus se identificaron por metodo automatizado y PCR, la prevalencia de genes de superantigenos por PCR multiple y las correlaciones mediante la prueba exacta de Fischer. Resultados: en 38 aislamientos se observo que la prevalencia de los genes de enterotoxinas, toxina del sindrome de choque toxico y toxinas exfoliativas fue 44%, 7% y 4%, respectivamente. La unica correlacion significativa (p = 0,045) fue entre la presencia de los genes de superantigenos y los aislamientos hospitalarios. Conclusiones: existe una alta prevalencia de genes de enterotoxinas y una baja de genes de toxinas exfoliativas y del sindrome de choque toxico en aislamientos de S. aureus en esta poblacion. Esta es la primera investigacion que presenta datos de prevalencia de superantigenos en Colombia, y proporciona nueva informacion para America Latina.