Objetivos: determinar la frecuencia de las alteraciones congénitas que son detectadas en forma prenatal, utilizando la ecografía como método diagnóstico.Métodos: estudio de casos y controles basado en la metodología del Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas (ECLAMC). Fueron examinados los recién nacidos de tres hospitales de la ciudad de Bogotá durante los años 2004 y 2005.Resultados: se reportó un total de 12.760 recién nacidos, de los cuales hubo 382 con malformaciones congénitas (2,99%). Información completa se presentó en 287 casos (75,13%). El promedio de ecografías realizadas a los casos fue de 3,47 y para los controles de 3,19 (p < 0,05). Los casos presentaron menores edades gestacionales con respecto a los controles, 37,59 vs. 38,29 semanas respectivamente (p < 0,01); menores pesos al nacer 2.841,9 vs. 3.022,67 g (p < 0,01) y talla de 48,3 cm para los casos y 49,34 para los controles (p < 0,01). Se presentaron 151 casos con posibilidad de detección ecográfica (52,6% de los malformados), de los cuales solo 49 (32,5%) fueron detectados.Conclusión: la tasa de detección ecográfica en los tres hospitales es baja comparada con la información de otros estudios, que muestran la necesidad de una mejor calidad y tecnología para incrementar la detección prenatal de malformaciones graves.