Objetivo Evaluar la costo-efectividad de antipsicóticos empleados en el tratamiento de la esquizofrenia. Métodos Se analizaron por separado los antipsicóticos de primera línea y los demás mediante un modelo de Markov con horizonte temporal de cinco años para pacientes en tratamiento de mantenimiento. Los costos fueron tomados desde la perspectiva del Sistema de Salud. La efectividad fue medida en años de vida bajo el mismo esquema de tratamiento. Los resultados y las conclusiones fueron evaluados mediante análisis de sensibilidad determinísticos univariados y multivariados probabilísticos. Resultados Dentro de las alternativas de primera línea, la clozapina es el antipsicótico menos costoso con $472.120 paciente/año y el más efectivo con un promedio de 2,6 años de tratamiento antes de cambiar el medicamento. Para los demás antipsicóticos, el Haloperidol obtuvo la menor razón de costo efectividad con $291.368. Conclusiones La clozapina la estrategia dominante entre los antipsicóticos de primera línea y el haloperidol es el más costo efectivo entre los demás antipsicóticos.