RESUMEN Para evaluar el efecto de dos estrategias alimentarias y presencia de sustrato para perifiton sobre el perfil de acidos grasos, caracteristicas sensoriales y microbiologicas en filetes de tilapia y bocachico, se realizo un policultivo bajo un diseno factorial 2x2 con tres replicas. El primer factor, A1: alimento con 20% de proteina bruta (PB) y A2: alimentacion con niveles decrecientes de PB, (38, 32, 24 y 20%). El segundo factor B1: presencia y B2: ausencia de sustrato para perifiton. Al final de un periodo de cultivo de ocho meses fueron analizados los filetes de las dos especies. Las muestras cumplieron con los parametros microbiologicos del INVIMA. No hubo diferencias significativas sensoriales entre tratamientos. En tilapia, la estrategia alimentaria tuvo efectos sobre el perfil de acidos grasos, no en bocachico. En bocachico se encontraron relaciones Ω-6/Ω-3 de 0,7±0,12, en tilapia de 3,9±1,2 y en perifiton de 0,7±0,007. Por la relacion Ω-6/Ω-3 menor a 1 y la presencia de DHA y EPA, el bocachico reune caracteristicas para ser identificado como un alimento funcional. El perifiton presento niveles altos de ALA, siendo una fuente apropiada para peces. Tilapia tiene mas alta relacion de Ω-6: Ω-3, pero con adecuados niveles de DHA y EPA.