En Colombia, el conocimiento de levaduras ha sido limitado a especies de interes clinico. El micro-habitat aereo de las flores, presenta un area de gran interes para el aislamiento de levaduras con importancia en el campo industrial, por su potencial uso como controlador biologico. El objetivo de este trabajo es analizar la diversidad de levaduras asociadas a inflorescencia de Mango (Mangifera indica) y flores de Lulo arboreo (Solanum wrightii). Para dicha finalidad se trabajo con 96 aislados, a los cuales se les realizo caracterizacion fenotipica y posteriores pruebas de MSP-PCR Fingerprinting. Estas pruebas fueron complementadas con amplificacion parcial y secuenciacion del segmento 26S del ADNr para identificacion a nivel de especie. El patron de diversidad encontrado refleja una dominancia de la especie Candida leandrae en flores de lulo arboreo, tambien se presentaron especies como Cryptococcus laurentii, Candida parazyma, Aeurobasidium pullulans y Pseudozyma tsukubaensis. Las inflorescencias de mango presentaron especies como Sydowia eucalypti, Cryptococcus flavescens, C. laurentii, C. nemorosus, C. heveanensis, Pichia kluyveri, Pseudozyma tsukubaensis y Candida asparagi. Se logro identificar hasta el nivel taxonomico de especie el total de los aislados encontrados,ademas se hallaron especies con potencial uso biotecnologico.