La diarrea en el paciente infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) representa un reto para el clínico, dentro de su diagnóstico diferencial se incluyen causas infecciosas (Bacteria, virus, hongos y parásitos) como no infecciosas; dentro de las causas infecciosas se encuentran microorganismos los cuales pueden afectar a hospederos tanto inmunocompetentes como inmunocomprometidos, por lo que el diagnóstico diferencial es amplio. La presentación puede ser aguda o crónica, siendo esta última la que presenta mayor impacto en la morbilidad y la calidad de vida de los pacientes. El enfoque diagnóstico debe ser secuencial, primero con métodos de laboratorio no invasivos, hasta llegar a estudios endoscópicos con toma de biopsias en aquellas personas en quienes es difícil llegar a un diagnóstico.