Se analizaron las características microbiológicas de diferentes tipos de biofertilizantes durante el proceso de fermentación, elaborados con diferentes sustratos orgánicos e inoculados con microorganismos de montaña (MM), obtenidos de una zona montañosa del departamento de Copán, Honduras. Se planteó un diseño experimental, cuyos tratamientos estaban constituidos por biofertilizantes formulados con MM en medio líquido más diferentes sustratos orgánicos (estiércol de ganado bovino, de porcino, gallinaza y un grupo de control sin inoculación de MM). Luego, se observaron y midieron las poblaciones de hongos, bacterias, bacterias productoras de ácido láctico, actinomicetos y levaduras de los biofertilizantes. Los resultados del análisis muestran que no se presentan diferencias estadísticas significativas (α = 0.05) entre las medias de las poblaciones, en ninguno de los tratamientos. No se presentan diferencias estadísticas (α = 0.05) durante el tiempo de fermentación (TF), excepto para las poblaciones de actinomicetos, manifestadas en una reducción en los primeros días de fermentación, y una ligera elevación en las últimas semanas, probablemente atribuible a su lenta velocidad de crecimiento. Los resultados obtenidos podrán contribuir a los conocimientos actuales y a las prácticas que los productores agrícolas realizan en los sistemas de producción, al utilizar alternativas orgánicas de fertilización. Palabras claves. microorganismos de montaña, biofertilizantes, características microbiológicas, proceso de fermentación, estiércol bovino, estiércol porcino, gallinaza.