La incertidumbre e intensidad de los cambios sorteados por las micro, pequeñas y medianas empresas (MiPymes) han incrementado y acentuado el rol estratégico de la innovación, hasta el punto que se considera determinante de la rentabilidad empresarial y por ende de su competitividad. Este artículo analiza el efecto de la innovación sobre el desempeño de las MiPyme colombianas, a través de una variable latente agregada estimada a partir de 8 factores. El enfoque epistemológico es el empírico–inductivo, con un diseño de investigación no experimental de campo, y un tipo de estudio descriptivo-transeccional. Se recurrió al método de componentes principales y una matriz de correlaciones policroma y un análisis ANOVA. Se evidencia que la mayoría de las MiPyme no están involucradas en procesos de innovación, aunado a un bajo interés por establecer alianzas de cooperación en I+D, reduciendo las posibilidades de competir exitosamente en los mercados tanto internos como externos, lo cual es negativo para el desarrollo del país y sus regiones.