La incidencia de las infecciones fúngicas ha aumentado en las últimas décadas como consecuencia del incremento en el número de pacientes con factores predisponentes. Tanto el diagnóstico como el tratamiento de estas infecciones continúan siendo un reto para el personal de la salud. Aunque las especies de los géneros Candida, Aspergillus y Cryptococcus continúan siendo las más frecuentes, es notoria la emergencia de especies que no se habían reconocido anteriormente como patógenas para el hombre. Ante este panorama, el diagnóstico adecuado y oportuno de estas infecciones es de gran relevancia para la instauración de un tratamiento eficaz y, de esta manera, para impactar en la morbilidad y mortalidad que suelen causar algunas micosis, principalmente en los individuos inmunocomprometidos. Con esta revisión se pretende mostrar de manera general aspectos clínicos, epidemiológicos y, principalmente, relacionados con el diagnóstico de las infecciones fúngicas más frecuentes, partiendo de los métodos convencionales hasta las técnicas moleculares que actualmente se tratan de implementar en busca de un la prueba estándar de referencia que pueda superar la sensibilidad, la especificidad, la rapidez y el costo-efectividad de los métodos que se han utilizado hasta ahora en el diagnostico micológico.