La presentación de tromboembolismo pulmonar de alto riesgo en paciente con evento isquémico cerebral agudo, a pesar de ser infrecuente, implica alto riesgo de morbimortalidad y un reto para el clínico respecto a su manejo. La trombolisis como manejo inicial está contraindicada dado el riesgo incrementado de sangrado intracraneal, por tal motivo deben plantearse otras terapias alternativas de reperfusión. Presentamos el caso de una paciente de 45 años con cuadro clínico de seis meses de evolución dado por cefalea en quien se diagnosticó aneurisma del segmento cavernoso de la arteria carótida interna izquierda, sometiéndose a embolización y presentando migración de múltiples trombos desde posición proximal de stent, con trombolisis fallida y desarrollo de isquemia hemisférica ipsilateral; quien posteriormente presenta tromboembolismo pulmonar de alto riesgo, manejado mediante tromboaspiración y trombolisis farmacológica selectiva guiada por catéter e implantación de filtro de vena cava inferior. La trombolisis farmacológica selectiva guiada por catéter constituye la estrategia de reperfusión con la mejor relación riesgo/beneficio en el contexto de isquemia cerebral aguda y tromboembolismo pulmonar de alto riesgo. Asimismo, es posible utilizar otras alternativas para disminuir el riesgo de recurrencia, tales como los filtros venosos y la compresión neumática intermitente.