El camarón blanco Litopenaeus vannamei es una especie de importancia pesquera en Sinaloa, México cuya producción ha declinado en años recientes. Para su recuperación, la repoblación mediante la liberación de larva cultivada se ha considerado como alternativa. Esta estrategia requiere incluir información sobre las características genéticas de las poblaciones silvestres, para garantizar que tales programas no impacten negativamente sobre su eficacia biológica en el largo plazo. En este trabajo se estudió la estructura genética del camarón blanco en Sinaloa, México, mediante los perfiles genéticos de 6 microsatélites en muestras de 10 localidades ubicadas en 5 lagunas costeras. Se registraron altos niveles de diversidad genética (15.6 alelos por locus y 0.87 heterocigosidad esperada), así como desviaciones del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) en la mayor parte de los sitios. A pesar de observarse diferencias genéticas significativas entre localidades ( Fst = 0.012; p < 0.001), la falta de un patrón geográfico específico y una baja diferenciación entre estuarios ( Fst = 0.005; p = 0.062), indicó homogeneidad genética regional. Las desviaciones del EWH y las diferencias entre localidades se explican por el efecto Wahlund. Asimismo, se discuten recomendaciones para el manejo de las actividades de repoblación sobre la base de criterios genéticos.