Introducción: El hipotiroidismo neonatal es un trastorno congénito de la glándula tiroides que se caracteriza por una baja producción de las hormonas tiroideas y que conduce a daños irreversibles en el desarrollo psicomotor cuando se detecta tardíamente. Un diagnóstico a tiempo de esta condición permite instaurar un tratamiento y seguimiento efectivo del caso con el fin de evitar las secuelas. Objetivo: Determinar la prevalencia de Hipotiroidismo Congénito (HC) y factores asociados en neonatos nacidos en un Hospital del Área Metropolitana de Bucaramanga, entre Junio de 2014 a Junio de 2015. Materiales y métodos: Estudio de casos y controles anidado en una cohorte retrospectiva (relación 1:4). Inicialmente, con la información de todos los RN durante el período se determinó la prevalencia de HC. Los neonatos con niveles de TSH neonatal >15 mU/L en sangre de cordón recolectada en papel filtro o de >10 mU/L en sangre de talón fueron considerados como casos. 104 neonatos con niveles normales de TSH se eligieron aleatoriamente como controles. La información clínica y demográfica se consultó en la base de datos del hospital y se registró en formatos específicos. El análisis estadístico se realizó utilizando regresión logística. Resultados: Se tamizaron 2.475 neonatos en los cuales se detectaron 25 casos de HC. La prevalencia de HC fue 1.01% (IC95% de 0.65% - 1.49%). Los casos fueron comparados con 104 controles. Los factores estadísticamente significativos que se asociaron con HC fueron haber realizado controles prenatales (ORa 0.19 IC 95% 0.005-0.69), la talla del RN (ORa 0.82 IC95% 0.71-0.96) y el antecedente de hipotiroidismo materno (ORa 5.19 IC 95% 1.13-23.94). Los antecedentes de la madre más frecuentes fueron preeclampsia y sobrepeso. Conclusiones: La prevalencia de HC fue mayor comparada con estudios previos (20 veces). Aunque en este hospital la confirmación de HC con la prueba L-T4 no está disponible al egreso del RN, lo que podría llevar a un sobrediagnóstico, esto no explica la alta prevalencia encontrada. Por lo anterior, es importante adelantar estudios prospectivos que permitan determinar las razones de la alta frecuencia de HC en esta población. Adicionalmente, los controles prenatales y la talla del recién nacido fueron factores protectores y el hipotiroidismo materno fue un factor de riesgo.