Introduccion: Cryptosporidium spp. (C. spp.) causa morbimortalidad en ninos con SIDA. Objetivo: Identificar la asociacion entre carga viral, CD4 y C. spp. en heces de ninos con SIDA. Materiales y metodos: Estudio observacional en ninos del Hospital Universitario del Valle de Cali. Se tomaron datos como edad, genero, procedencia, consanguinidad, tratamiento, estadio, supervivencia materna y peso. Se analizaron las heces por la tecnica de Ziehl-Neelsen modificada. Se midieron carga viral y niveles de linfocitos ayudadores TCD4. La estadistica incluyo analisis estratificado, modelos de regresion logistica, pruebas t de Student, X 2 , y prueba de Fisher, con p significativa Resultados: Ingresaron 72 ninos entre 0 y 15 anos, 52.7% masculinos, 50% consanguineos y con madre viva, 54.2% del area urbana, 69.1% institucionalizados, 36.1% grado C de severidad, 73.6% con analogo nucleosido con inhibidor de proteasa, 55% con >100,000 copias de carga viral y >100,000 celulas CD4. La prevalencia de C. spp. fue 51.4%, siendo mas afectados entre los 5-10 anos; con mayor proporcion de ninos positivos para C. spp. con grado severo para SIDA (p = 0.03). Con intervalo de confianza de 95%, los >2 anos tuvieron un riesgo 8 veces mayor de ser positivos en heces para C. spp. (1.6-40.1); para edad, genero y procedencia rural, 7.7 (1.5-38.9); para madre viva y estar institucionalizado, 6.1 (1.1-32.7), y para severidad de la enfermedad y peso, 5.7 (1-32.3). Conclusion: La prevalencia para C. spp. fue 51.4%, con factores de riesgo edad >2 anos y grado de severidad C, sin diferencias significativas en peso, carga viral y niveles de CD4.