Un desafío en promoción de la salud es desarrollar métodos de evaluación que valoren procesos y resultados en su dimensión política, social y económica y en su contribución a la calidad de vida de las poblaciones, más allá de resultados numéricos. Este estudio presenta una propuesta metodológica de evaluación en promoción de la salud, aplicada a la estrategia Municipios Saludables, basada en la articulación evaluación-sistematización. La propuesta se diseñó y validó mediante su aplicación en el programa de Promoción de la Salud "Comuna Promotora de Salud", realizado en Cali, con el apoyo de la Fundación Kellogg. La evaluación valoró la intervención y los resultados intermedios con relación a la aproximación a objetivos y metas. La sistematización facilitó la relación entre procesos y resultados con su contexto y motivó la participación. Se presenta la metodología, resultados intermedios, debates e hipótesis de la aplicación del modelo propuesto.