Introducción: para el control de la ansiedad en la atención odontológica existen diferentes estrategias. El objetivo de este trabajo fue determinar la eficacia y la seguridad de la medicación con clonidina versus placebo, para disminuir la ansiedad y el dolor en la extracción de terceros molares. Métodos: ensayo clínico, placebo controlado, aleatorizado, triple ciego y diseño de grupos paralelos; participaron 40 pacientes sanos con edades entre 14 y 40 años, que serían sometidos a cirugía de terceros molares, con puntuación ≥ 13, según la escala de ansiedad dental modificada (mdas); 20 pacientes participaron por grupo y recibieron clonidina de 150 mcg, al control placebo. Se aleatorizaron por bloques balanceados y el enmascaramiento consistió en un tableteado uniforme. Desenlace primario: cambio en la ansiedad, según mdas; secundario: signos vitales, cambio en la escala del dolor y efectos secundarios. Resultados: la ansiedad disminuyó en ambos grupos, sin diferencias significativas entre el grupo clonidina y el grupo placebo (p = 0,704); en el grupo experimental disminuyó la presión media al compararla con la del grupo placebo (p = 0,033). Conclusión: la clonidina es segura, y aunque al compararla con el placebo no mostró diferencias significativas en disminución de la ansiedad, en el grupo que la recibió se observó un descenso en la presión arterial media, lo que puede reflejar menor ansiedad, si consideramos sus signos somáticos.