Introducción: la malaria gestacional afecta a las madres y al embrión o feto en desarrollo; requiere diagnóstico rápido y tratamiento oportuno y efectivo para evitar las complicaciones y muertes. Objetivo: comparar las técnicas de gota gruesa, PCR anidada y PCR en tiempo real (qRT-PCR), para diagnosticar infecciones submicroscópicas por Plasmodium falciparum y P. vivax.Metodología: se estudiaron 21 mujeres con manifestaciones clínicas de malaria, incluyendo gestantes y no gestantes, en Puerto Libertador, Córdoba, Colombia; de todas se obtuvieron muestras de sangre periférica y, en las gestantes, de placenta y cordón umbilical. Se extrajo el ADN y se lo amplificó por PCR anidada y cuantitativa (qRT-PCR). Para el análisis estadístico se usaron los programas Graphpad PRISM y EPIDAT.Resultados: las tres técnicas diagnosticaron satisfactoriamente la presencia de P. falciparum y P. vivax en sangre periférica, cordón y placenta. Las pruebas moleculares presentaron sensibilidad y especificidad del 100%; dos casos de infección por P. falciparum no identificados por gota gruesa (submicroscópicos) se diagnosticaron con las dos técnicas de PCR.Conclusión: la qRT-PCR es ventajosa en comparación con la PCR anidada porque su estandarización es más corta, requiere menos infraestructura y permite cuantificar el ADN.